Konstitucinis Teismas pripažino, kad Vyriausybės 2016 m. rugsėjo 28 d. nutarimas Nr. 960 „Dėl J. Miliaus atleidimo iš Valstybinės maisto ir veterinarijos tarnybos direktoriaus pareigų“ (toliau – Vyriausybės nutarimas) neprieštarauja Konstitucijai, Vyriausybės įstatymo 29¹straipsnio 9 dalies 7 punktui, 37 straipsnio 1 daliai, 41 straipsnio 1 daliai.

Taip pat Konstitucinis Teismas pripažino, kad Vyriausybės įstatymo 41¹ straipsnio 1 dalis, kurioje nustatyta, kad Vyriausybės sprendimai ir Vyriausybės rezoliucijos priimami Vyriausybės pasitarime dalyvaujančių Vyriausybės narių, o ne visų Vyriausybės narių balsų dauguma, prieštarauja Konstitucijos 95 straipsnio 1 daliai.

Šiuo nutarimu Konstitucinis Teismas taip pat nutraukė bylos dalį, kurioje pareiškėjas prašė ištirti, ar Vyriausybės 2016 m. rugsėjo 15 d. pasitarimo protokole Nr. 52 įrašytas sprendimas „12. Dėl Valstybinės maisto ir veterinarijos tarnybos direktoriaus veiklos ataskaitos“ neprieštarauja Konstitucijai ir Vyriausybės įstatymui. Pagal Konstituciją Konstitucinis Teismas sprendžia, ar Vyriausybės aktai neprieštarauja Konstitucijai ir įstatymams, o minėtas sprendimas nėra Vyriausybės aktas, jame užfiksuota Vyriausybės pasitarime dalyvavusių Vyriausybės narių preliminari pozicija, neišreiškianti Vyriausybės, kaip kolegialios vykdomosios valdžios institucijos, valios. Todėl šis pasitarimo protokole įrašytas sprendimas nėra Konstitucinio Teismo tyrimo dalykas ir ši bylos dalis nutraukta.

Pareiškėjas abejones dėl ginčijamo teisinio reguliavimo atitikties nurodytoms Konstitucijos ir Vyriausybės įstatymo nuostatoms iš esmės grindė tuo, kad, pasak pareiškėjo, Vyriausybė, nepaisydama konstitucinio reikalavimo visus Konstitucijoje ir įstatymuose Vyriausybės kompetencijai priskirtus valstybės valdymo reikalus spręsti Vyriausybės posėdžiuose priimant nutarimus, o ne kitos rūšies aktus, J. Milių iš Valstybinės maisto ir veterinarijos tarnybos direktoriaus pareigų atleido nepritarusi jo veiklos ataskaitai ne Vyriausybės nutarimu, o Vyriausybės pasitarimo protokole įrašytu sprendimu. Pareiškėjas taip pat teigė, kad taip Vyriausybė viršijo Konstitucijoje ir įstatymuose nustatytus savo įgaliojimus.  

Konstitucinis Teismas nutarime pažymėjo, kad ir pagal Konstituciją, ir pagal Vyriausybės įstatymą valstybės valdymo reikalus Vyriausybė sprendžia posėdžiuose visų Vyriausybės narių balsų dauguma priimdama nutarimus. Valstybinės maisto ir veterinarijos tarnybos direktoriaus, kaip Vyriausybės įstaigai vadovaujančio valstybės pareigūno, veiklos vertinimas, kaip ir jo atleidimas iš pareigų, tiek pagal Konstituciją, tiek pagal įstatymus yra valstybės valdymo reikalas.

Konstitucinis Teismas atkreipė dėmesį, jog iš Konstitucijos viršenybės principo kyla reikalavimas, kad valdžios galias riboja Konstitucija, o teisėkūros subjektai, taip pat Vyriausybė, teisės aktus gali leisti tik neviršydami savo įgaliojimų, Vyriausybės priimami poįstatyminiai teisės aktai turi neprieštarauti Konstitucijai ir įstatymams.Konstitucinis Teismas nutarime konstatavo, kad Valstybinės maisto ir veterinarijos tarnybos direktoriaus J. Miliaus atleidimo iš pareigų teisinis pagrindas yra Vyriausybės įstatymo 29¹ straipsnio 9 dalies 7 punktas, pagal kurį Vyriausybės įstaigos vadovas atleidžiamas iš pareigų, kai Vyriausybė nepritaria jo veiklos ataskaitai. Konstitucinis Teismas pažymėjo, kad šioje Vyriausybės įstatymo nuostatoje nėra reikalavimo būtinai abu klausimus spręsti atskirais Vyriausybės nutarimais. Ginčytas Vyriausybės nutarimas priimtas atsižvelgiant į minėtą Vyriausybės pasitarimo protokolo įrašą, fiksavusį preliminarią Vyriausybės pasitarime dalyvavusių Vyriausybės narių poziciją neigiamai vertinti Valstybinės maisto ir veterinarijos tarnybos direktoriaus J. Miliaus pateiktą veiklos ataskaitą. Todėl Vyriausybės nutarimas vertintinas kaip išreiškiantis Vyriausybės valią ir neigiamai vertinti Valstybinės maisto ir veterinarijos tarnybos direktoriaus J. Miliaus veiklos ataskaitą, ir dėl šios priežasties atleisti jį iš šių pareigų. Konstitucinis Teismas pabrėžė, kad šitaip suprantant Vyriausybės nutarimą nėra pagrindo teigti, jog valstybės valdymo reikalai – Valstybinės maisto ir veterinarijos tarnybos direktoriaus J. Miliaus veiklos ataskaitos vertinimas ir su juo susijęs J. Miliaus atleidimas iš šių pareigų – buvo sprendžiami ne Vyriausybės posėdyje, ne priimant nutarimą. Taip pat  nėra pagrindo teigti, kad tai buvo padaryta ne visų Vyriausybės narių balsų dauguma.

Konstitucinis Teismas taip pat pažymėjo, kad Vyriausybė, priimdama šį sprendimą, kartu atsižvelgė į visą bylos medžiagą, t. y. ne tik į pateiktą veiklos ataskaitą, bet ir į Specialiųjų tyrimų tarnybos korupcijos vertinimo analizę, kitą Vyriausybės turėtą medžiagą.

Konstitucinis Teismas šioje konstitucinės justicijos byloje, be kita ko, priminė, kad konstitucinis atsakingo valdymo principas, aiškinamas kartu su Konstitucijos 5 straipsnio 3 dalyje įtvirtintu valdžios įstaigų tarnavimo žmonėms imperatyvu, suponuoja teisėkūros procedūrų viešumo ir skaidrumo reikalavimus, kurių privalo laikytis valstybės valdžią įgyvendinančios institucijos. Vyriausybė, spręsdama valstybės valdymo reikalus, negali viršyti jai Konstitucijos ir įstatymų suteiktų įgaliojimų, juos įgyvendindama privalo laikytis iš Konstitucijos kylančių teisėkūros procedūrų viešumo ir skaidrumo reikalavimų, priimti teisėtus ir pagrįstus teisės aktus (jie turi būti paremti aukštesnės galios teisės aktų nuostatomis, aiškūs, racionaliai motyvuoti ir kt.).

Konstitucinis Teismas nutarime atkreipė dėmesį, kad pareiškėjas neprašė išaiškinti, ar Vyriausybė pagrįstai nepritarė Valstybinės maisto ir veterinarijos tarnybos direktoriaus J. Miliaus veiklos ataskaitai. Konstitucinis Teismas ne kartą yra pažymėjęs, kad faktinių aplinkybių ir duomenų, kurie yra pagrindas neskirti asmenų į tam tikras pareigas, atleisti juos iš tam tikrų pareigų (kaip ir šios bylos kontekste – neigiamai vertinti tam tikro valstybės pareigūno veiklą), tyrimas pirmiausia yra administracinę bylą nagrinėjančio teismo kompetencijos dalykas.

Konstitucinis Teismas, tirdamas šią konstitucinės justicijos bylą, pažymėjo, kad pagal Konstituciją Vyriausybė, spręsdama valstybės valdymo reikalus, gali priimti nutarimus, taip pat sprendimus ir rezoliucijas (dėl pasiūlymų priimti Europos Sąjungos teisės aktus pagal Konstitucinio akto „Dėl Lietuvos Respublikos narystės Europos Sąjungoje“ 4 straipsnį).

Nagrinėdamas bylą Konstitucinis Teismas nustatė, kad pagal Vyriausybės įstatymo 41¹ straipsnio 1 dalį tokie sprendimai ir rezoliucijos dėl pasiūlymų priimti Europos Sąjungos teisės aktus gali būti priimti nebūtinai visų Vyriausybės narių dauguma – tai gali būti padaryta ir pasitarime dalyvaujančių Vyriausybės narių dauguma.

Atsižvelgdamas į tai, kad ir pasiūlymai priimti Europos Sąjungos teisės aktus yra valstybės valdymo klausimas, taip pat į Vyriausybės, kaip vykdomosios valdžios kolegialios institucijos, konstitucinę prigimtį, į iš Konstitucijoje įtvirtinto demokratinio sprendimų priėmimo principo kylantį reikalavimą kolegialioms valstybės institucijoms priimti sprendimus balsų dauguma, Konstitucinis Teismas pažymėjo, kad pagal Konstituciją aktas, sprendžiant valstybės valdymo reikalus priimtas ne visų Vyriausybės narių balsų dauguma, negali būti laikomas Vyriausybės, kaip vykdomosios valdžios kolegialios institucijos, valios išraiška. Todėl Konstitucinio akto „Dėl Lietuvos Respublikos narystės Europos Sąjungoje“ 4 straipsnyje nurodytų Vyriausybės sprendimų ir rezoliucijų  priėmimui taikytina Konstitucijos 95 straipsnio 1 dalyje nustatyta visų Vyriausybės narių balsų daugumos taisyklė.

Nutarimo tekstą galima rasti Konstitucinio Teismo svetainėje, žr. http://www.lrkt.lt/lt/teismo-aktai/paieska/135/ta1803/content.